Seit 1348 sind in Neuenheerse Orgeln urkundlich nachweisbar. Auslöser der Beschaffung repräsentativer Orgeln war neben dem kirchenmusikalischen Anspruch eines Adeligen Damenstiftes sicher auch die faszinierend schöne und ausgewogene Akustik dieses Kirchenraumes.

Der Ursprung des jetzigen Instrumentes kann nicht sicher datiert werden, weil zuverlässige Quellenangaben fehlen. Neuere Überlegungen lassen den Schluß zu, daß diese Orgel 1712 - 14 von Andreas Reinecke aus Eschershausen, wahrscheinlich unter Mitwirkung seines Bruders Bernhard, gebaut und nach 1719 mit der farblichen Fassung vollendet wurde. Sie erhielt ihren prachtvollen Barockprospekt mit den überlangen (18') Pedaltürmen und den bartlosen, silberbelegten Bleipfeifen, deren Labien vergoldet waren. Das Instrument war im weiten Umkreis die bedeutendste Orgel, und seine Organisten wurden des öfteren gutachtlich tätig, z.B. bei der Abnahme der Möller-Orgel in Marienmünster.

Nach mehreren Umbauten erfuhr diese Orgel im Jahre 1883 den gravierendsten Eingriff, als der Paderborner Orgelbaumeister Franz Eggert ein neues 24-registriges, dem romantischen Zeitgeschmack entsprechendes Kegelladeninstrument in das vorhandene Gehäuse stellte; nur einige Register des Pedalwerks und die verstummten Prospektpfeifen blieben erhalten. Einem weiteren Umbau im Jahre 1921 fielen auch die alten Pedalpfeifen zum Opfer. Unglückliche technische Konzeption, vor allem aber mangelhafte Wartung ließen das nunmehr pneumatische Werk in den folgenden Jahrzehnten bis zur Unbrauchbarkeit verkommen.

Dieser Orgel mit ihrem warmen, voluminösen Klang trauern bis heute viele ältere Gemeindemitglieder nach.

Die heutige Orgel mit ihrer üppigen Disposition ist das Ergebnis eines Rekonstruktionsversuches, der Ende der fünfziger Jahre durch den Leiter der Orgelwissenschaftlichen Forschungsstelle der Westfälischen Wilhelms–Universität Münster, Prof. Dr. Rudolf Reuter, erarbeitet wurde. Dafür legte Reuter den damals wahrscheinlichsten Erbauer, Andreas Schweimbs aus Einbeck, zugrunde. Orgelbaumeister Paul Ott (1903-1991) aus Göttingen hat sie unter Verwendung der historischen Prospektpfeifen des Hauptwerks zwischen 1964 und 1966 als vollmechanische Schleifladenorgel in traditioneller Bauweise neu errichtet. Das Gehäuse erhielt in der Werkstatt August Tombusch, Ascheberg, seine ursprünglichen Proportionen zurück und wurde um ein Rückpositiv ergänzt. Die farbliche Fassung wurde von der Restauratorenwerkstatt Anton Ochsenfarth, Paderborn, wiederhergestellt, die erforderlichen Änderungen an der Empore von der Schreinerei Schwarze, Neuenheerse, durchgeführt.

Es ist ein besonderer Glücksfall, dass die Rekonstruktion der größten Orgel Bad Driburgs gerade Paul Ott anvertraut wurde. Ott baute nach einer langen Phase des Vergessens als erster wieder vollmechanische Orgeln in barocker Tradition. Dabei entwickelte er einen unverwechselbaren Personalstil, der auch in Neuenheerse in seiner ganzen Klarheit zum Ausdruck kommt. Es wurden, entgegen den damaligen Gepflogenheiten, keinerlei vorgefertigte "Industrie"-Bauteile verwendet; das gesamte Instrument ist in feiner Handarbeit individuell auf seinen Aufstellungsraum abgestimmt.

Im Rahmen der Kirchenrenovierung 1991–94 hat die Firma Matthias Kreienbrink, Osnabrück-Hellern (jetzt Georgsmarienhütte) das Orgelwerk gründlich überholt. Bedauerlicherweise wurde es dabei klanglich erheblich verändert. Die Anhebung des Winddruckes und eine damit notwendige vollständige Neuintonation haben die ursprüngliche brillante Strahlkraft fast vollständig beseitigt.

Seitdem erklingt in unserer Gemeinde weder die originalgetreue Ott-Orgel noch eine authentische Barockorgel. Das einst für Rundfunk- und Tonträgeraufnahmen gebuchte und in zahlreichen Konzerten von namhaften Organisten gespielte Instrument ist zur Zeit von der Landkarte verschwunden. Allein die Hohlflöte 8' des Hauptwerks erinnert in geradezu atemberaubender Schönheit an die alte Größe dieses herausragenden Instrumentes.

Die nächstgelegene, noch unveränderte Orgel von Paul Ott, die den ursprünglichen "Neuenheerser Klang" bewahrt, befindet sich in der Paderborner Markt- und Universitätskirche.

Während der Arbeiten zur Holzwurmbekämpfung entstand das folgende Bild. Es erlaubt einen Blick auf die Hauptwerksladen bei entfernten Prospektpeifen. Die Verformungen der Laden sind darstellungsbedingt - tatsächlich sind sie rechtwinklig.